เมื่อปี พ.ศ. 1879 (ค.ศ.1336) และในระยะต่อมา พญามังรายได้ส่งพญาแสนภูผุ้เป็นหลานมาควบคุมดูแลเมือง บริเวณที่ราบลุ่มแม่นำกกและแม่น้ำโขงรวมถึงปัจจุบัน 681 ปี

เมืองเชียงแสนแบ่งออกเป็น   ๓ ยุค คือ

๑. ยุคแรก  (ตำนาน)  ตั้งแต่ยุคที่ขอมเคลื่อนขึ้นมาตามลำน้ำโขงจากโพธิสารหลวงมาสร้าง   เมืองสุวรรณโคมคำ ซึ่งในใบลานเรียกสุวรรณโคมประเทศ มีอายุประมาณ ๑,๓๐๐  ปี

๒. ยุคที่สอง  (โบราณคดี)  เมืองเชียงแสนนั้น มีหลักฐานปรากฏอยู่ในเอกสารอย่างชัดเจนว่า  พระเจ้าแสนภู พระราชนัดดาของพระเจ้ามังราย ทรงสร้างเมืองขึ้นบริเวณซากเมืองรอยเก่าริมฝั่งแม่น้ำโขง     เมื่อ พ.ศ. ๑๘๗๑ และขนานนามว่าเมืองหิรัญนครชัยบุรีศรีช้างแสน รวมอายุ ๖๘๐ ปี

 ๓. ยุคที่สาม  พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่  ๕ แห่ง กรุงรัตนโกสินทร์ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ให้พระยาเดชดำรง ย้ายที่ทำการเมืองเชียงแสน มาตั้งที่เมืองกาสา (อำเภอแม่จัน ในปัจจุบัน) ต่อมาทางราชการเห็นว่าที่ตั้งเมืองเชียงแสน ติดกับลำน้ำจัน จึงได้เปลี่ยนชื่อจากอำเภอเชียงแสน   เป็น “อำเภอแม่จัน” และต่อมาเมื่อ พ.ศ.๒๔๗๐ ได้ยกฐานะเมืองเชียงแสนดั้งเดิมตั้งเป็น “กิ่งอำเภอเชียงแสน” และได้รับยกฐานะเป็น “อำเภอเชียงแสน” เมื่อวันที่ ๑๐ เมษายน ๒๕๐๑ จนถึงปัจจุบัน